Almindelige problemer med skæremaskiner skyldes ofte forkert betjening, mangel på vedligeholdelse eller designbegrænsninger. Et hyppigt problem er slid eller skader på skæreelementer, hvilket resulterer i ujævne skær, grater eller deformation af materialet. Dette kan skyldes for stor skærekraft, forkert afstand mellem skæreelementer eller anvendelse af skæreelementer af lav kvalitet. For eksempel fremskyndes slid, hvis man skærer rustfrit stål med et skæreelement, der er beregnet til blødt stål. Et andet problem er fejl i hydrauliksystemet, som kan give sig til kende ved langsom rammebevægelse, utætheder eller uregelmæssige trykudsving. Forurenset hydraulikolie, slidte tætninger eller luft i systemet er typiske årsager. I mekaniske skærer kan der opstå problemer med gearkassen, såsom støj, vibration eller gearudslip, som skyldes utilstrækkelig smøring eller forkert justering. Elektriske fejl, såsom motoroverhedning, udløste sikringsskakere eller sensornedbrydning, kan hæmme driften og udgøre sikkerhedsrisici. Disse skyldes ofte spændingsudsving, overbelastning eller fugtpåvirkning. Strukturelle problemer som revner i rammen eller deformation af arbejdsbordet forekommer typisk i ældre maskiner, der har været udsat for store belastninger uden tilstrækkelig forstærkning. Forkert justerede bagstop eller forkantstøtter fører til unøjagtige skær, hvilket medfører spild af materiale og behov for reparation. Brugerfejl, såsom at tilføre materialet i en skæv vinkel eller ignorere sikkerhedsprotokoller, forstærker disse problemer. For eksempel kan det at omgå nødstoppen under en tilstopning skade maskinen og bringe personale i fare. For at afhjælpe disse problemer bør man følge producentens anvisninger for vedligeholdelse, sikre grundig træning af operatører og anvende komponenter af høj kvalitet. Maskinen bør regelmæssigt kalibreres, og ydelsesparametre som skærekraft og energiforbrug bør overvåges for at opdage unormale tendenser tidligt. Case-studie: En stålbehandlingsfabrik i Brasilien løste tilbagevendende problemer med skæreslid ved at skifte til skæreelementer med carbidspidser og implementere en skære-rotationsskema, hvilket reducerede udskiftningomkostningerne med 25 %.